1978ൽ പുറത്തിറങ്ങിയ ഭരതൻ ചിത്രം ‘ആരവ’ത്തിലൂടെ സിനിമയിലെത്തിയ പ്രതാപ് എൺപതുകളിൽ മലയാളം, തമിഴ് സിനിമകളിൽ തരംഗമായിരുന്നു. ഭരതൻ ചിത്രം ‘തകര’യിലൂടെ മലയാളത്തിൽ ചുവടുറപ്പിച്ച പ്രതാപ് പോത്തൻ ചാമരം, അഴിയാത കോലങ്ങൾ, നെഞ്ചത്തെ കിള്ളാതെ, വരുമയിൽ നിറം ചുവപ്പ്, മധുമലർ, കാതൽ കഥൈ, നവംബറിന്റെ നഷ്ടം, ലോറി, ഒന്നുമുതൽ പൂജ്യം വരെ, തന്മാത്ര, 22 ഫീമെയിൽ കോട്ടയം തുടങ്ങിയവയടക്കം നിരവധി ശ്രദ്ധേയ ചിത്രങ്ങളിൽ വേഷമിട്ടു. കെ. ബാലചന്ദർ, ബാലു മഹേന്ദ്ര, മഹേന്ദ്രൻ, ഭരതൻ, പത്മരാജൻ തുടങ്ങിയവരുടെ ചിത്രങ്ങളിൽ പ്രതാപ് പോത്തൻ അവതരിപ്പിച്ച കഥാപാത്രങ്ങൾ ശ്രദ്ധേയങ്ങളാണ്.
ഒരു യാത്രാമൊഴി, ഡെയ്സി, ഋതുഭേദം തുടങ്ങിയവ അടക്കം മലയാളത്തിലും തമിഴിലും തെലുങ്കിലുമായി 12 സിനിമകൾ സംവിധാനം ചെയ്തു. സൊല്ല തുടിക്കിത് മനസ്സ് എന്ന ചിത്രത്തിനു തിരക്കഥയൊരുക്കി. പ്രശസ്ത നിർമാതാവ് ഹരി പോത്തൻ സഹോദരനാണ്. 1985 ൽ ചലച്ചിത്രതാരം രാധികയെ വിവാഹം ചെയ്തെങ്കിലും അടുത്ത വർ‌ഷം വിവാഹമോചിതനായി. പിന്നീട് 1990 ൽ അമല സത്യനാഥിനെ വിവാഹം ചെയ്തു. 2012 ൽ പിരിഞ്ഞു. ഈ ബന്ധത്തിൽ കേയ എന്ന മകളുണ്ട്.